CLIP （crosslinking-immunoprecipitation）是利用蛋白质和RNA在365nm紫外光照射下会发生共价交联的特性，来研究蛋白质和RNA相互作用的重要技术。

GST pulldown是一项体外检测蛋白质之间直接互作的有效方法，能有效验证酵母双杂交系统体外实验，可用于检测已知或推测的蛋白-蛋白相互作用，也可作为未知的蛋白-蛋白相互作用的初始筛选方法。

N4-乙酰胞苷(N4-acetylcytidine，ac4C)是一种高度保守的RNA乙酰化修饰，其广泛存在于真核和原核生物的tRNA、rRNA和mRNA中，与多种人类疾病、尤其是癌症显著相关。RNA乙酰化在调控蛋白翻译启动与延伸、增强蛋白翻译准确性、改善mRNA稳定性和翻译效率等方面可能扮演重要角色。

RNA甲基化指发生在RNA分子上不同位置的甲基化修饰现象，属于转录后修饰，常见的甲基化修饰方式有6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine，m6A)和5-甲基胞嘧啶(C5-methylcytidine，m5C)以及7-甲基鸟嘌呤(N7-methylguanosine，m7G)等。RNA甲基化在调控基因表达、剪接、RNA编辑、RNA稳定性、控制mRNA寿命和降解、介导环状RNA翻译等方面可能扮演重要角色。利用甲基化RNA免疫共沉淀(Methylated RNA Immunoprecipitation，MeRIP)技术，可以对RNA转录后甲基化修饰图谱进行全面研究。

凝胶迁移或电泳迁移率检测(Electrophoretic mobility shift assay，EMSA)是研究启动子结合蛋白的经典方法，主要应用于定性和定量分析核酸蛋白相互作用。

RNA印迹杂交（Northern blot）是一种将RNA从凝胶中转移至尼龙膜上，通过检测RNA表达水平来检测基因表达的方法。