LncRNA FENDRR with m6A RNA methylation regulates hypoxia-induced pulmonary artery endothelial cell pyroptosis by mediating DRP1 DNA methylation《Molecular Medicine》(IF=6.376)

背景：

焦亡是一种程序性细胞死亡的形式，参与了缺氧性肺动脉高压（HPH）的病理生理进展。

新出现的证据表明，长链非编码 RNA (lncRNA) 的 N6-甲基腺苷 (m6A) 修饰的转录本是参与许多疾病的重要调节因子。

然而，m6A修饰的lncRNA转录本是否能调节HPH进展中的焦亡仍有待探索。

方法：

采用实时定量聚合酶链反应（qRT-PCR）和荧光原位杂交（FISH）检测缺氧肺动脉内皮细胞（HPAECs）中FENDRR的表达水平。

采用Western blot、乳酸脱氢酶（LDH）释放法、Annexin V-FITC/PI双染色、Hoechst 33342/PI荧光染色和Caspase-1活性法检测FENDRR在HPAEC细胞焦亡中的作用。

通过生物信息学分析、RNA纯化染色质分离（CHIRP）、电泳迁移率变动分析（EMSA）和甲基化特异性PCR（MSP）分析，探讨了FENDRR与动力蛋白相关蛋白1（DRP1）之间的关系。

采用RNA免疫共沉淀法（RIP）和m6A斑点印迹法检测FENDRR的m6A修饰水平。

采用缺氧诱导的小鼠肺动脉高压（PH）模型检测FENDRR保守片段TFO2的预防效果。

结果：

研究团队发现FENDRR在缺氧的HPAECs的细胞核中显著下调。

FENDRR过表达抑制了缺氧诱导的HPAEC焦亡。

此外，DRP1是FENDRR的下游靶基因，FENDRR与DRP1的启动子形成RNA-DNA三链体，导致DRP1启动子甲基化增加，从而降低DRP1的转录水平。

值得注意的是，研究团队说明了m6A解读器YTHDC1在m6A修饰的FENDRR降解中起着重要作用。

此外，FENDEE过表达的保守片段TFO2在体内抑制了HPH。

结论：

综上所述，研究团队的研究结果表明，m6A诱导的FENDRR衰减通过调节DRP1启动子的甲基化促进HPAEC细胞焦亡，从而为HPH治疗提供了一个新的潜在靶点。

在缺氧诱导的HPAECs中，FENDRR的表达下调，可能是HPH的关键调控因子，体外实验研究表明FENDRR表达与DRP1表达呈负相关。

FENDRR是低轴诱导的HPAEC经典焦亡通路调控的重要参与者，过表达FENDRR可抑制缺氧诱导的HPAECs焦亡。

lncRNAs可以通过Hoogsteen碱基配对与基因启动子相互作用，形成RNA-DNA三链体，从而调控靶基因的表达。

为了进一步探索这一点，研究团队用CHIRP、RIP等技术进行分子调控机制研究。

探索FENDRR与DRP1的启动子形成RNA-DNA三链体，以及DRP1启动子甲基化之间的表观调控机制。

通过CHIRP分析进行了染色质分离，以探索这两种TFOs是否有能力与DRP1启动子结合。

Te结果显示，生物素标记TFO2组的富集度明显是NC和生物素标记TFO1组的10倍。

MeRIP-PCR显示在缺氧条件下，ythdc1沉默的HPAECs的FENDRR FENDRR水平比NC组提高了1.6倍，RIP实验表明YTHDC1在FENDRR RNA中显著富集了10倍，形成了一个m6A修饰复合物。

这些结果表明YTHDC1选择性地与m6a修饰的FENDRR结合，并以m6A依赖的方式调节其降解，为FENDRR在HPH进展中的失调提供了一个新的视角。

作者使用伯信生物明星产品CHIRP、RIP试剂盒进行了上述分子互作调控机制的研究。

原文链接：https://molmed.biomedcentral.com/articles/10.1186/s10020-022-00551-z