南京大学近期在国际知名期刊《Biomarker Research》(IF=8.633)，发表研究成果“5mC and H3K9me3 of TRAF3IP2 promoter region accelerates the progression of translocation renal cell carcinoma”

研究团队之前的研究发现lncRNATRAF3IP2反义RNA1(TRAF3IP2-AS1)可能在NONO-TFE3易位肾细胞癌(NONO-TFE3tRCC)的进展中发挥关键作用。

然而，由TRAF3IP2-AS1互补链编码的TRAF3IP2(TRAF3相互作用蛋白2)在NONO-TFE3tRCC中的功能仍然知之甚少。

通过荧光素酶检测、RNA免疫沉淀、免疫印迹、甲基化DNA免疫沉淀和CRISPR/dcas9为基础系统，研究了TRAF3IP2、NOTCH1和TRAF3IP2-as1之间的调控机制。

机制研究表明，TRAF3IP2作为NOTCH1的共激活因子，激活NOTCH1通路。

同时，HNRNPK、DNMT1和SETDB1可以被TRAF3IP2-AS1招募到TRAF3IP2的启动子区域，在转录水平上介导DNA上的5-羟甲基胞嘧啶(5mC)和组蛋白H3(H3K9me3)的三甲基化赖氨酸9，从而抑制TRAF3IP2的表达。

结论：TRAF3IP2在NONO-TFE3tRCC进展中发挥致癌基因作用，可能作为NONO-TFE3tRCC治疗的新靶点。

文章为探索TRAF3IP2-AS1在TRAF3IP2启动子上的注入情况，研究团队设计了针对甲基化(M)或未甲基化(U)CpG位点的引物来扩增亚硫酸盐修饰后的基因组DNA。

结果表明，过表达TRAF3IP2-AS1增加了UOK109细胞中TRAF3IP2启动子区域的DNA甲基化水平。

同样，在TRAF3ip2-as1沉默的786-O细胞中，DNA甲基化水平降低。

MeDIP检测也得到了相同的结果与预期的一样，转染dCas9-HNRNPK和gTRAF3IP2的UOK109细胞中DNA甲基化水平升高，而转染shHNRNPK的786-O细胞DNA甲基化水平降低。

本文运用MeDIP技术研究发现HNRNPK通过招募DNMT1，通过DNA甲基化抑制TRAF3IP2：

MeDIP研究过程中用慢病毒转染G-JUOK109细胞和786-O细胞，然后用抗5mc抗体进行MeDIP检测。

在文章中，作者使用伯信生物明星产品MeDIP试剂盒、ChIRP试剂盒以及Co-IP试剂盒进行相关作用机制研究。

原文链接：https://biomarkerres.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40364-022-00402-3